沧海桑田，现今蓬勃发展的南台湾科学园区，却曾是许多史前先民的土地。此博物馆是为了保留并展现在建造科学园区时意外发现的五千年珍贵历史文物而设。建筑设计以“下探，回溯”来紧扣时间与空间的关系，由今日穿梭时空至五千多年以前，同时增加知识的深度。

　　本基地紧临高速铁路轨道，平均每几分钟即有一辆高铁列车会经过，过程中约3.5秒会与本基地比肩相邻。

　　巧妙地运用乘客的高铁体验，透过动线的设计让访客先穿越方形的玻璃通道，在频繁经过的高铁车次中，让每个访客都能穿梭「现代」，眺望这趟最新、最快的交通技术和科技园区设施，仿佛正在见证未来。行过观景高点再以逆时钟方向下探历史的旅程，又仿佛考古挖掘的过程，同一个地点曾经文明涨退交迭，藉由身体的移动与五感来亲身体会。

　　建筑以两组不同几何向度组成：一轴线指向近正北，与古代埋葬的方位吻合，代表过去的秩序;另一轴线遵循现有都市街道纹理，与主要轴线交错19度，代表现有的秩序。

　　这两种秩序贯穿整个博物馆，从建筑物平面一直到展示物件的摆设都如此，象征了考古的工作的精髓：藉由手边现有的秩序，来臆测并探索可能隐藏在过往时空的秩序，并且对过去另一时空的事物赋予错位的巧思及意义。

　　建筑外墙以粗犷火山岩为主，夜里光线隐隐的渗透，对照粗糙的石材质感诉说神秘的诗意。